در این مقاله راه حل‌های احتمالاتی مسئله انطباق ساختار سوم پروتئین و تفاوت آن با الگوریتم‌های قطعی مطالعه و بررسی می‌شود. برای این منظور دو مدل احتمال بیزی معرفی و راه حلی در خصوص اضافه کردن اطلاعات توالی و نوع اسید آمینه (ساختار اول) به آن ارائه خواهد شد. همچنین نحوه برآورد پارامترهای انطباق به کمک الگوریتم مونت کارلوی زنجیر مارکف و نمونه‌گیری از توزیع پسین معرفی می‌شود. در نهایت نحوه کاربست این روش‌ها در انطباق پروتئین‌ها نشان داده شد و برآورد پارامترها در مدل‌های متفاوت برای یک مجموعه داده واقعی ارزیابی و مقایسه خواهد شد.